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Nanoporetech

牛津納米孔測序

傳統(tǒng)的短讀技術(shù)

全面的基因組表征

長測序讀數(shù)

長和超長讀?。ǜ哌_(dá) 4 Mb）可以解決復(fù)雜的基因組畸變

在單一測序分析中準(zhǔn)確識別和定相單核苷酸變異、結(jié)構(gòu)變異和堿基修飾

生成和比較高度準(zhǔn)確的基因組，并糾正現(xiàn)有的參考基因組

有限的基因組表征

短測序讀數(shù)通常不跨越重要類別的基因組畸變，例如大的結(jié)構(gòu)變異和重復(fù)區(qū)域，而是依靠間接推斷和/或復(fù)雜的計算分析來檢測它們。傳統(tǒng)測序技術(shù)對擴(kuò)增的要求也會引入序列偏差并去除堿基修飾。結(jié)果，僅可以鑒定樣品中存在的一小部分基因組變異。

靈活和按需

按需排序

適用于所有基因組和項目規(guī)模的可擴(kuò)展、經(jīng)濟(jì)實惠的設(shè)備

使用PromethION生成 TB 級數(shù)據(jù)— 同時或獨(dú)立使用多達(dá) 48 個大容量流通池，以滿足您的樣品可用性和實驗室要求

使用GridION以高通量對較小的基因組進(jìn)行測序或?qū)^大的基因組進(jìn)行低通測序

發(fā)現(xiàn)納米孔測序的優(yōu)勢并使用MinION開展試點項目，僅需 1,000 美元，包括流動槽和測序試劑

在使用Flongle進(jìn)行大規(guī)模研究之前執(zhí)行樣品 QC ，流動池每個 90 美元

靈活性有限

傳統(tǒng)的高通量臺式測序設(shè)備需要大量的基礎(chǔ)設(shè)施要求和費(fèi)用——將它們的使用限制在資源充足的集中位置。為了獲得優(yōu)良效率，通常需要進(jìn)行樣品批處理，這可能會導(dǎo)致周轉(zhuǎn)時間較長。

簡化的工作流程

易于自動化的工作流程

在短短 10 分鐘內(nèi)準(zhǔn)備好用于測序的DNA 樣本，包括多路復(fù)用

適用于大規(guī)模群體基因組學(xué)項目的易于自動化的樣品制備試劑盒和方案

低 DNA 輸入要求

使用模塊化PromethION和GridION在單個設(shè)備上同時運(yùn)行多項分析——全基因組、靶向和全長 RNA測序

繁瑣的工作流程

通常，冗長的樣品制備要求和較長的測序運(yùn)行時間會降低工作流程效率并增加周轉(zhuǎn)時間。

實時數(shù)據(jù)流

快速訪問結(jié)果

分析生成的數(shù)據(jù)以獲得即時洞察力

使用自適應(yīng)采樣進(jìn)行實時靶向測序，增強(qiáng)特定基因組區(qū)域的覆蓋率

當(dāng)產(chǎn)生足夠的數(shù)據(jù)時停止測序——清洗并重復(fù)使用流動槽

修復(fù)了批量數(shù)據(jù)交付的運(yùn)行時間

獲得結(jié)果的時間增加并且無法識別工作流程錯誤，直到為時已晚，加上處理大量批量序列數(shù)據(jù)的額外實際復(fù)雜性。

皮書

對大基因組的新見解

了解世界各地的研究人員如何利用長納米孔測序讀數(shù)來支持跨許多不同物種生成高度準(zhǔn)確和連續(xù)的染色體級基因組組裝。由于能夠生成超過 4 Mb 的讀取長度，納米孔測序讀取能夠*解析具有挑戰(zhàn)性的基因組區(qū)域，從而能夠識別以前隱藏的基因組變異——為進(jìn)化和疾病關(guān)聯(lián)提供新的見解。

在我們的資源中心查找更多關(guān)于使用納米孔測序進(jìn)行大規(guī)模群體基因組學(xué)研究的出版物。

群體基因組學(xué)資源

群體基因組學(xué)皮書

下載皮書

PromethION 上的群體基因組學(xué)測序

閱讀出版物

案例分析

結(jié)構(gòu)變異及其對表型、疾病和種群適應(yīng)的影響

為了對中國人群進(jìn)行更全面的基因組表征，Wu等人。使用由高通量 PromethION 設(shè)備提供的長納米孔測序讀數(shù)對 405 個人進(jìn)行了大規(guī)模分析。該團(tuán)隊確定了 132,312 個結(jié)構(gòu)變體 (SV)，其中 53% 是新的。此外，他們確定了新的 SV 與表型和疾病的關(guān)聯(lián)，包括身高和貧血。

'我們的研究的細(xì)節(jié)揭示了人類 SV 的復(fù)雜景觀，并為它們在表型、疾病和進(jìn)化中的作用提供了新的見解'

吳，Z。等人。bioRxiv 430378 (2021)。

在我們的調(diào)查頁面中了解納米孔測序如何實現(xiàn)全面的變異檢測——從 SNV 和定相，到 SV 和堿基修飾。

結(jié)構(gòu)變異

查看所有應(yīng)用程序

卡倫米加，UCSC，美國

閱讀論文

觀看視頻

案例分析

*人類基因組的空白

在人類基因組初稿宣布完成近 20 年后，仍有大片區(qū)域（高達(dá)基因組的 8%）難以使用傳統(tǒng)測序技術(shù)進(jìn)行分析。為了最終兌現(xiàn)人類基因組學(xué)和個性化醫(yī)療的承諾，研究人員和聯(lián)盟，例如端粒到端粒 (T2T) 聯(lián)盟，正在利用長納米孔測序讀數(shù)來完成人類基因組，跨越重要的、高度重復(fù)的區(qū)域，如著絲粒和端粒，加上大的結(jié)構(gòu)變體。迄今為止，T2T 聯(lián)盟已經(jīng)為人類 X 和 8 號染色體提供了完整、無間隙的組裝和新穎的功能見解——包括對 DNA 甲基化和核苷酸序列的綜合分析。

'完成整個人類基因組現(xiàn)在觸手可及'

米加等人。自然 585（2020 年）。

在我們的皮書中了解研究人員如何利用長納米孔測序讀數(shù)來發(fā)現(xiàn)以前隱藏的基因組變異并提供更連續(xù)的人類基因組。

人類遺傳學(xué)皮書

群體基因組學(xué)資源

開始使用

群體基因組學(xué)的可擴(kuò)展測序

納米孔測序具有的可擴(kuò)展性——從便攜式 Flongle 和 MinION 設(shè)備（非常適合樣品 QC 和試點研究）到高通量臺式 GridION 和 PromethION 平臺，它們提供快速且經(jīng)濟(jì)實惠的高產(chǎn)量高質(zhì)量數(shù)據(jù)訪問大規(guī)模人口基因組學(xué)項目。

比較產(chǎn)品

群體基因組學(xué)的高測序產(chǎn)量

推薦用于群體基因組學(xué)

PromethION 48

PromethION 48 將多達(dá) 48 個可獨(dú)立尋址的大容量流通池與強(qiáng)大的集成計算相結(jié)合，可提供靈活的按需訪問太堿基測序數(shù)據(jù)——非常適合大規(guī)模群體基因組學(xué)項目。

Q20+ 化學(xué)，單分子準(zhǔn)確度達(dá)到 99% 及更高

用于 Q20+ 原始讀數(shù)準(zhǔn)確性的 Kit 14 化學(xué)試劑包括更新的測序酶和新的 R10.4.1 納米孔。這種化學(xué)方法為 SNP 和 INDEL 評分等測量的納米孔測序提供了較高精度，以及 5-甲基 C 的金標(biāo)準(zhǔn)性能。它是一種高精度、高輸出的化學(xué)品，能夠在三種運(yùn)行條件下運(yùn)行：

準(zhǔn)確性

默認(rèn)

輸出

通過操作軟件 MinKNOW 設(shè)置的每個運(yùn)行條件，使 DNA 以不同的易位速度通過孔，根據(jù)需要平衡更高準(zhǔn)確度或更高產(chǎn)量的要求 - 同時提供 Q20 或更高的單工讀數(shù)。所有條件都與雙鏈讀取兼容，來自 DNA 分子兩條鏈的數(shù)據(jù)結(jié)合在一起，單分子準(zhǔn)確度約為 Q30 或更高。雙工方法已經(jīng)展示了長達(dá) 72 kb 的讀取，Q30 讀取長度為 260 kb。

Kit 14 化學(xué)簡化了 Oxford Nanopore 提供的試劑盒，確保用戶在選擇如何回答他們的生物學(xué)問題時無需在較高輸出或較高準(zhǔn)確度之間做出上游選擇。

具體應(yīng)用

在推出 Kit 14 化學(xué)品的同時，替代解決方案可以更好地服務(wù)于某些應(yīng)用。請點擊以下鏈接了解更多詳情

RNA測序

為簡化 cDNA 制備或直接 RNA 測序而優(yōu)化，閱讀更多關(guān)于我們的 RNA 測序產(chǎn)品的信息。

SARS-CoV-2測序

支持 ARTIC 協(xié)議，Midnight 提供了一種簡單、快速的 SARS-CoV-2 基因組測序方法，每個樣本的成本較低，了解開始對 SARS-CoV-2 病毒進(jìn)行納米孔測序所需的知識。

16S測序

用于微生物 16S 測序和屬級細(xì)菌鑒定的多重試劑盒

現(xiàn)場測序

擺脫對冷鏈的依賴，帶著我們的凍干現(xiàn)場測序試劑盒離開實驗室

現(xiàn)在有空

Oxford Nanopore Kit 14 化學(xué)試劑支持一系列樣品制備方法，隨著時間的推移，更多的試劑盒功能被推出：

Ligation Sequencing Kit V14 (SQK-LSK114)和Ligation Sequencing Kit XL V14開放搶先體驗

快速化學(xué)和原生條形碼試劑盒 14 個選項 - 即將推出

超長和擴(kuò)增套件選項 - 即將于 2022 年推出

了解有關(guān) Oxford Nanopore 產(chǎn)品發(fā)布階段的更多信息，包括早期訪問階段

了解社區(qū)如何使用 Q20+

Miten Jain：使用 R10.4.1 和 Kit 14 進(jìn)行人類基因組組裝和分析

美國加利福尼亞大學(xué)圣克魯茲分校的 Miten Jain 團(tuán)隊一直在評估最近在讀取長度、準(zhǔn)確性和軟件方面的改進(jìn)，用于超快速、基于納米孔的全基因組測序分析。在此特別關(guān)注 Kit 14，Miten 展示了在本次演講前幾天生成的數(shù)據(jù)，顯示在單個 PromethION 流動槽中生成了超過 140 Gb 的測序數(shù)據(jù)。與以前的化學(xué)相比，這種高輸出是通過更低的 DNA 和文庫輸入要求實現(xiàn)的。還強(qiáng)調(diào)了原始讀取準(zhǔn)確性的顯著提高，特別是在均聚物區(qū)域中，其中準(zhǔn)確調(diào)用了大約 20 個堿基的長度。

該團(tuán)隊目前正在使用最新的納米孔化學(xué)和流動細(xì)胞生成他們的第一個人類基因組組件；然而，使用剪切基因組 DNA 的初步結(jié)果達(dá)到了超過 20 Mb 的 NG50 分?jǐn)?shù)。他們還在評估雙鏈數(shù)據(jù)的使用，并開發(fā)進(jìn)一步的變體調(diào)用和甲基化分析工具。根據(jù)此處介紹的進(jìn)展，Miten 得出結(jié)論，“分階段的 Q40+ 精度從頭組裝可能是可以實現(xiàn)的"。

Alexander Wittenberg：使用 Q20+ 化學(xué)方法提高作物基因組組裝的準(zhǔn)確性

Alexander 是荷蘭 KeyGene 的長期工作人員，介紹了他們?nèi)绾伍_發(fā)一個全面的計算工具集，以“的規(guī)模"執(zhí)行作物基因組分析，包括從頭組裝、變異檢測和數(shù)據(jù)可視化。KeyGene 的團(tuán)隊一直在評估 Q20+ 化學(xué)和 R10 納米孔對幾種植物物種的性能，以及利用植物訓(xùn)練的堿基識別模型的影響。后者的影響可以在他們的玉米全基因組測序數(shù)據(jù)中看到，觀察到原始讀取準(zhǔn)確度提高了 2.5%。前者出現(xiàn)在生菜的結(jié)果中，內(nèi)部 STL 組裝器顯示出好的組裝指標(biāo)，還有甜瓜。他們利用甜瓜基因組進(jìn)行了世界的僅雙鏈組裝，

Mantas Sereika：Nanopore R10.4 可實現(xiàn)近乎的細(xì)菌基因組

丹麥奧爾堡大學(xué)的 Mantas 在這里展示了關(guān)于微生物模擬群落樣本的 R10.4 Q20+ 納米孔序列數(shù)據(jù)。憑借 99.1% 的模態(tài)原始讀取準(zhǔn)確度，以及與 R9.4.1 數(shù)據(jù)相比改進(jìn)的均聚物調(diào)用，他認(rèn)為通過足夠的覆蓋率和一致拋光基因組中的所有均聚物應(yīng)該是可解析的。這種趨勢在復(fù)雜的宏基因組樣本中繼續(xù)存在，與 R9.4.1 相比，從厭氧消化污泥中提取的 DNA 顯示出改進(jìn)的均聚物調(diào)用 - 在 8 到 10 或更低的均聚物長度之間，“宏基因組組裝基因組中的大多數(shù)均聚物似乎是正確調(diào)用'。最后，在他們的模擬社區(qū) R10.4 Q20+ 序列數(shù)據(jù)中對 Duplex 讀取進(jìn)行評論，由于模態(tài)雙工讀取準(zhǔn)確度為 99.9% (Q30) 準(zhǔn)確度，繪制原始讀取準(zhǔn)確度“基本上破壞了我們的 R 腳本"。

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